| ■シャインとダークの主な違い |
・一部の戦えるチームが違う
・一部のスカウトできるキャラが違う
・各バージョン限定の化身が登場する。
・それそれにオリジナルストーリーが存在する。
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| ■シャイン版限定 |
・劇場版イナズマイレブンGO 究極の絆 グリフォンに登場する「アンリミテッドシャイニング」と対戦できる。
・円堂の奥さんがシャインでは「冬花」
・オリジナルストーリーで基山ヒロトのオリジナルストーリー
■仲間になる中学時代の”あのキャラクターが違う”
・シャインでは中学時代の「基山ヒロト」が仲間にできる。
| ■シャイン限定化身 |
・聖獣シャイニングドラゴン
・魔戦士ペンドラゴン
・神官ジャッジ |
| ■シャイン限定秘伝書 |
・ゴッドハンドV
・プレストターン
・サイドワインダー
・ディープミスト |
■シャインOP曲ED曲
・OP曲T-Oistonza+KMC「おはよう！シャイニング・デイ」
・ED曲北原沙弥香「HAJIKE-YO!!」
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| ■ダーク版限定 |
・劇場版イナズマイレブンGO 究極の絆 グリフォンに登場する「エンシャントダーク」と対戦できる。
・円堂の奥さんがシャインでは「夏未」
・オリジナルストーリーで風丸一郎太のオリジナルストーリーが
■仲間になる中学時代の”あのキャラクターが違う”
・ダークでは中学時代の「アフロディ」が仲間にできる。
| ■ダーク限定化身 |
・暗黒神ダークエクソダス
・魔王ギラーゼ
・破壊神デスロス |
| ■ダーク限定秘伝書 |
・無頼ハンド
・疾風ダッシュ
・ソニックショット
・ハンタ―ズネット |
■ダークOP曲ED曲
・OP曲T-Oistonza+KMC「打ち砕ーくっ！」
・ED曲北原沙弥香「愛情・情熱・熱風」
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